El problema surgió al querer comenzar un proyecto nuevo, la ventana de dialogo al crear un proyecto nuevo, se mostraba vacía y solo me permitía "cancelar".
Después de leer en los foros y postear esta duda sin respuesta, vi que usuarios estaban teniendo problemas con los menús de Netbeans en Ubuntu 12.04, así que decidí probar la siguiente solución:
http://hanynowsky.wordpress.com/2012/04/27/netbeans-ide-look-feel-under-ubuntu-12-04/
En resumen, el problema parece ser con el "Look and feel (L&F)" de Java, que utiliza para Linux el L&F GTK, la solución es cambiar este L&F por el "nativo" llamado "Metal"
Para esto, hay que editar el siguiente archivo: netbeans.conf
Este generalmente se encuentra en la siguiente dirección:
/usr/local/netbeans-7.1.2/etc/netbeans.conf
$ gksudo gedit /usr/local/netbeans-7.1.2/etc/netbeans.conf
y añadimos la siguiente linea a las opciones de netbeans:
-J-Dswing.aatext=true -J-Dawt.useSystemAAFontSettings=lcd --laf Metal
y con esto, mostrará el L&F Metal
Y se solucionará por lo pronto este problema.